Alternatives Database

NEURON (НЕЙРОН)

Программа НЕЙРОН является моделирующей средой для разработки и применения моделей нейронов и нейронных сетей. Она особенно хорошо подходит для проблем, где «кабельные» свойства клеток играют важную роль, возможно включая внеклеточный потенциал возле мембраны, а также где свойства клеточной мембраны являются сложными и задействуют многие каналы специфических ионов, аккумуляцию ионов, а также вторичные мессенджеры. Эта программа совершенствовалась благодаря длительному сотрудничеству между Майклом Хайнзом с кафедры компьютерных наук Школы медицины при Йельском университете и Джоном У. Муром с кафедры нейробиологии в Медицинском центре при Дюкском университете. Их непосредственной целью было создание средства, разработанного специально для решения уравнений, описывающих нервные клетки. НЕЙРОН позволяет пользователям сфокусироваться на важных анатомических и биофизических особенностях модели без отвлечения на такие вычислительные проблемы как компартментальный размер. Программа делает это частично благодаря идее продолжающихся «кабельных» секций, которые соединяются вместе для образования ветвистой архитектуры любого вида и которые наделены свойствами, могущими постоянно варьировать в зависимости от положения вдоль секции. Определяемые пользователем свойства мембраны и цитоплазмы выражаются в виде кинетических схем и наборов систем уравнений. Мембранное напряжение и состояния эффективно вычисляются благодаря компиляции этих описаний модели и использованию подразумеваемого метода интеграции, оптимизированного для разветвленных структур. Метод интеграции, при котором порядок и размер шага являются переменными, может быть выбран для достижения повышенной точности и / или скорости. Программа НЕЙРОН обладает огромной степенью гибкости благодаря использованию объектно-ориентированного интерпретатора для установления анатомических и биофизических свойств модели, определения внешнего вида графического интерфейса, управления моделями, а также выведения результатов графически. Два недавних добавления к графическому пользовательскому интерфейсу заслуживают особого упоминания: «Строитель клетки» позволяет пользователям создавать модели с «нуля» и модифицировать существующие модели без написания каких-либо программных кодов; а «Сборщик многократного прогона» значительно облегчает оптимизацию моделей, которые имеют области параметров высокой размерности.

Носитель: загружается по ссылке:
http://www.neuron.yale.edu/neuron/install/install.html
Требования к системе: написанная первоначально в среде UNIX / Linux, программа НЕЙРОН впоследствии была перенесена в ОС Windows (все версии) и ОС Mac. Это единственная модель нейронов, которая работает на всех популярных платформах аппаратных средств, начиная от микрокомпьютеров стоимостью $1000 США и заканчивая суперкомпьютерами, дающими возможность выполнять моделирования с качеством для исследовательской работы на уровне, достижимом учеными в области нейробиологии во всем мире
Цена: бесплатно