Navzdory existující tradici humánního vzdělávání je většina pokusů na zvířatech ve výuce invazní a zahrnuje pitvu v anatomických, fyziologických a farmakologických experimentech a při chirurgické praxi. Invazní používání zvířat může být kritizováno hned z několika hledisek:

Utrpení zvířat a nerušování ekologických systémů
Zaprvé jsou zvířata poškozována, když je omezováno jejich přirozené chování, když je jim způsobována bolest nebo jsou zabíjena. Trpí při odchytu a při transportu, trpí pokud jsou chována a rozmnožována v zajetí, když jsou zabíjena kvůli pitvě a když jsou použita k pokusům. Z ekologického hlediska existuje obava ze snižování volně žijících populací žab, žraloků a želv, které jsou v některých zemích odebírány ze svého přirozeného prostředí kvůli použití ve výuce.

De facto lekce z etiky

Všeobecné vyhýbání se diskusi o etice používání zvířat a alternativ v rámci přírodních věd představuje podle profesora George Russella (Univerzita v Adelphi) lekci z etiky: že totiž na etických zájmech nezáleží. Skryté studijní osnovy učí, že život je laciný a zvířata mohou být považována za věci na jedno použití. A když věda existující etické vakuum přijme nebo vysílá podobné signály, důsledky mohou být jak pro vědu samotnou, tak pro společnost velmi vážné.

Narušení občanských práv
Mnoho studentů nemá na výběr zda se na invazním používání zvířat bude při praktikách podílet a nemá formální právo na protesty a námitky. Alternativy nejsou často vůbec k dispozici a vyhlídka povinného invazního používání zvířat bezpochyby odrazuje některé studenty od případného studia přírodních věd. Ti, kteří se rozhodnou se studiem začít, však nemusejí do posledního okamžiku vědět, co se od nich očekává a mnoho z nich je tak nakonec donuceno změnit kurz nebo úplně odejít kvůli hrozbě akademického či psychologického trestu. Takováto diskriminace je narušením jejich občanských práv: všichni studenti by měli mít právo rozhodnout se pro neúčast na invazním používání zvířat a mít přístup k výukově hodnotným alternativám.

Ztráta pro vědu
Pro vědní profese je závažnou ztrátou, že právě kvůli používání zvířat studenti vůbec nenastoupí nebo ve studiích přírodních věd dále nepokračují. Je to špatné jak pro vědu všeobecně, tak pro humánní výzkum, zvláště kvůli diskriminaci dobrých vědců - těch, kteří jsou ochotni kriticky myslet, těch, kteří s alternativními metodami běžně pracují a těch kteří dosud neztratili úctu k životu. Uvnitř okruhu vědců se diskriminací mladých vědkyň navíc prohlubuje trhlina mezi pohlavími - citlivost a úcta vůči zvířatům je často (ne však výhradně) projevována ženami, které se nemohou ztotožnit se současným systémem.

"Když jsem studovala, nebyla jsem si tak docela jistá, zda chci být veterinářkou. Kdyby mě tehdy nutili do experimentů se zvířaty, nestálo by mi to za to a studia bych ihned ukončila. Myslím si totiž, že děláte-li pokusy na zvířatech, otupíte vůči nim a pak se začnete stejně bezcitně chovat k ostatním zvířatům a asi také k lidem. Proto se domnívám, že je velice škodlivé dělat pokusy na zvířatech – nemáte ke zvířatům takovou úctu, jakou byste měli mít.“ - Dr. Tannetje Koning, veterinářka, Zeewolde, Nizozemí.

Znecitlivění
Nedávná studie publikovaná v časopise Veterinary Record potvrdila, že studenti veterinární medicíny po výukových kurzech znecitlivují a není pochyb, že invazní používání zvířat k tomuto procesu přispívá. Takováto změna studentů má nesmírné následky pro ně jako individuality a pro společnost jako celek. Australský veterinární student Andrew Knight píše:
 "Na konci pokusu studenti ovce před znovunabytím vědomí usmrtili předávkováním léku. Poté jim měli otevřít hrudní dutinu, aby zajistili, že znovu neožijí. Jedním ze stanovených cílů bylo, že si studenti osvojí smysl pro zodpovědnost vůči zvířatům pod jejich péčí a profesoři trvali na tom, že tato cvičení nebyla znecitlivující. Groteskní povaha těchto prohlášení byla demonstrována studentkou, která byla, poté co vložila ruku do hrudníku ovce, nadšena zjištěním, že opravdu cítila, jak srdce přestalo tlouci, když zvíře zemřelo."
Se zaměřením na biologii napsal George Russell v roce 1972 do měsíčníku American Biology Teacher následující: "Experimentování tohoto druhu může vést k systematickému a postupnému poškození schopnosti jedince cítit a způsobit změny osobnosti, které jsou, podle mého názoru, patrné každému i bez formálního psychologického či psychiatrického školení… Chceme toho příliš, když se snažíme znovu zavést úctu k životu a rozšiřovat lásku a obdiv k živým bytostem?“

Špatné prostředí pro studium
Další kritika se týká pedagogiky a studijních zkušeností. Mnoho studentů si stěžuje, že se z pokusů na zvířatech nic nenaučí, že nejsou spolehlivé, a že už je jen chtějí mít za sebou. Stres, spojený s etickým konfliktem může vyvolat velmi špatné prostředí pro studium.

Dochází k tomu i přes to, že existuje téměř 30 publikovaných akademických studií, které ukazují, že z akademického hlediska se studenti, používající alternativy učí rovnocenně a v některých případech dokonce lépe, než ti, kteří používají tradiční pokusy na zvířatech. Biolog Jonathan Balcombe, bývalý InterNICHE poradce pro alternativy, shrnul zjištění těchto studií a uzavřel invazní používání zvířat pro pokusy z hlediska kvality a hloubky vzdělávání jako omezené.

Zbytečné
Za předpokladu, že většina studentů přírodních věd zvířata ve své profesi nikdy nepoužije, má současná praxe pochybný význam. Pro ty, kteří se zvířaty budou pracovat – například veterináři a někteří biologové – je existence kurzů používajících alternativy po celém světě dostatečným důkazem k tomu, že staré přístupy již nejsou potřeba.

Vytvořila jsem kurz, ve kterém studenti získají dobré znalosti a zkušenosti z oblasti fyziologie i bez experimentů se zvířaty. Mou základní normou je kurz bez pokusů na zvířatech, protože ty nejsou nutné. Existuje celá řada způsobů jak demonstrovat fyziologické principy, při kterých nejsou pokusy na zvířatech potřeba.“ - Prof. Kerstin Lindhom-Kiessling, Katedra fyziologie, Univerzita v Uppsale, Švédsko“
V současné době již studenti absolvují studia aniž by dělali pokusy na zvířatech. A možná jsou pro své profese mnohem lépe připraveni.

Finančně rozumné?
Ze studie provedené organizací Humane Society of the United States (HSUS/Humánní společnost Spojených států), která porovnala výdaje za pitvy zvířat a použití alternativ, vyšel najevo značný finanční rozdíl – ve prospěch alternativních metod. Počítačové alternativy mohou vyžadovat vysoké počáteční investice, pokud v daném oboru existuje nedostatečné hardwarové vybavení, ale výdaje se časem získají zpět. V případech, kdy jsou vzdělávací výhody investic patrné okamžitě, mohou následovat výhody další: redukce konfliktů mezi studenty a učiteli, zvýšení počítačové gramotnosti a pozvednutí reputace školy.

Proti legislativní podstatě
Evropská konvence 123 prohlašuje, že v základních vysokoškolských kurzech by studenti neměli používat zvířata vůbec. Evropská směrnice 86/609 uvádí, že alternativy by měly být použity všude tam, kde existují, třebaže zákon nezahrnuje vzdělávání. Mnoho národních zákonů se shoduje v prohlášeních, že alternativy by měly být použity všude tam, kde je to možné, a kde existují mezinárodní a národní zákony a úmluvy proti diskriminaci. Některé země mají také zákony zakazující použití zvířat na některých stupních vzdělávání a zákony nebo nařízení chránící svobodu svědomí a právo na ohrazení se.