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Nodus

Nodus es un paquete de uso sencillo utilizado para simular el comportamiento eléctrico de las neuronas y de las redes pequeñas en computadoras Macintosh. Admite cualquier formato que utiliza los algoritmos de tipo Hodgkin-Huxley para las conductancias especificadas por el usuario en modelos de membranas excitables. Nodus combina un simulador poderoso con el manejo de una base de datos de un modelo sofisticado. Los modelos se definen en archivos separados: archivos de definición de la conductancia, archivos de definición de las neuronas y archivos de definición de la red. Para realizar las simulaciones, se encuentran disponibles dos métodos de integración: un método preciso de Fehlberg (fórmula de Runge-Kutta de quinto orden) y el método rápido de Euler hacia delante, con niveles de tiempo variables. Durante las simulaciones, el usuario puede manipular el valor de cualquier parámetro de la base de datos de simulación. Se respalda la salida gráfica a calor y/o la salida de texto en discos de todos los potenciales de membrana, conductancias y corrientes iónicas y sinápticas, factores de activación/inactivación de la conductancia y constantes de tiempo, liberación del transmisor, concentraciones, corrientes inyectadas y de fijación de voltaje. Se pueden trazar hasta 24 variables en 4 ejes. Es posible la medición en pantalla de los resultados trazados. Se pueden inyectar las corrientes (constante, pulsos repetitivos, ondas dientes de sierra, senos, ruido, de archivos de texto) en cualquier compartimiento del modelo. Se puede colocar una pinza de voltaje en dos neuronas simultáneamente, con superposición de las trazas. Las redes son integradas, con hasta 200 neuronas y un máximo de 60 conexiones sinápticas con un retraso y/o 20 conexiones eléctricas por cada neurona. Las neuronas pueden tener hasta 4,000 compartimientos, Con un máximo de 6 conexiones por compartimiento (compartimiento del soma: 24 conexiones), existe un control automático sobre la consistencia de la conexión. Se pueden dividir o fusionar los compartimientos manual o automáticamente para mantener su longitud electrotónica dentro de los límites definidos por el usuario. Se puede especificar las conductancias mediante un ecuación de Hodgkin-Huxley estándar, o se puede utilizar cualquier tipo de ecuación para generar un archivo de parámetro de conductancia externa (ya sea el factor de activación y tau o alfa y beta). Las conductancias pueden ser dependientes de calcio. 

Año de producción: 1999 para la versión actual (v3.2)
Medio: Descargable de http://www.bbf.uia.ac.be/SOFT/NODUS_load.html
Requerimientos del sistema: Macintosh OS 7-9. Nodus 3.2 está disponible en tres versiones. La mayoría de usuarios deseará utilizar la versión de PowerMac Nodus 3.2P. Las versiones más antiguas (la versión estándar Nodus 3.2 que funciona con cualquier Mac con CPU 68020/30/40 y un FPU y la versión Quadra Nodus 3.2Q que funciona únicamente con Macs con CPU 68040) se brindan para compatibilidad backward. Está disponible un manual extenso para el usuario.
Precio: Freeware
Nota: El autor no intenta mejorar o depurar este programa, pero ya que muchos usuarios lo siguen considerando como un recurso útil, continúa siendo distribuido. Sírvase citar a "De Schutter E.: Software computarizado para el desarrollo y simulación de modelos en compartimientos de neuronas. Computadoras para Biología y Medicina 19: 71-81 (1989)" en cualquier publicación o trabajo que utilice esta copia gratuita de Nodus.